Le premier orgue d'Illkirch, placé ici alors que l'église était mixte, date de 1748 : c'était l'oeuvre de Georg-Friedrich MERCKEL, dont on peut voir des instruments qui sont parvenus jusqu'à nous à Lixhausen, Gottenhouse ou Bilwisheim.

     Mais le plus célèbre des orgues d'Illkirch n'y est resté qu'un an. Il s'agit de l'instrument (un 3 claviers de 27 Jeux) que Jean-André SILBERMANN avait construit pour Strasbourg, St-Jean en 1763.
L'orgue Silbermann fut acheté par Illkirch en 1795. A St-Jean, il ne fut réellement remplacé qu'en 1825 (il y avait un petit orgue provisoire à partir de 1819).
Mais cet instrument prestigieux était décidément trop grand pour l'église d'Illkirch : un 8 pieds de 5 Tourelles, avec un Positif de dos reprenant la fameuse Tourelle centrale tri-lobée chère à Jean-André Silbermann. Aux couronnements près, il ressemblait beaucoup à celui que l'on peut voir à St-Hippolyte.

L'orgue fut revendu dès 1796 à la Konkordienkirche de Mannheim. L'édifice était en cours de reconstruction, et fut rendu au culte vers 1800. Comme la plus grande partie de Mannheim, l'édifice fut victime du bombardement de la nuit du 6 au 7 Septembre 1943. Il ne resta plus que quelques pans de murs carbonisés.

     En 1819 fut posé à Illkirch un orgue de Michel STIEHR. On ne connaît malheureusement guère que le Buffet, caractéristique de la Maison de Seltz : on peut le voir à Saint-Blaise-la-Roche.