Dans l'ancien édifice (on l'appelait "Allerheiligenkloster", couvent de la Toussaint) se sont succédés deux orgues célèbres :

• le 7ème Positif d'André SILBERMANN, 1725
• l'orgue Jean-André Silbermann, 1743, qui fut transféré en 1792 à Herbsheim. Là-bas, il fut pneumatisé en 1925 par Edmond-Alexandre Roethinger, puis détruit en Janvier 1945. Il en reste une sculpture figurant un panier de fleurs.
  

     L'édifice actuel date de la fin des années 1850. A Strasbourg, en matière de facture d'orgues, Martin WETZEL, après le départ de George WEGMANN, était "l'homme qui monte". Soutenu par Théophile STERN, il deviendra le seul facteur de Strasbourg en 1857. Aussi est-ce lui qui posa à la Toussaint, fort logiquement, un orgue provisoire (d'occasion et d'origine inconnue) en 1854, avant de le déménager dans l'édifice achevé, en 1859.

Mais les décideurs de la Toussaint créèrent la surprise : en 1861, ce n'est pas Wetzel qui posa l'orgue "définitif", mais un facteur parisien : Joseph MERKLIN. C'est Joseph WACKENTHALER qui expertisa et inaugura cet orgue "résolument moderne", accompagné de tout un aéropage d'organistes alsaciens. On ne sait malheureusement pas grand-chose de cet instrument, pourtant fort important pour l'organologie alsacienne, le deuxième orgue "parisien" d'Alsace. Il devait ressembler aux autres Merklin alsaciens de cette époque : Ranspach et Wintzenheim.

C'est le chanoine SPITZ qui a laissé un témoignage sur cet orgue : il s'agissait d'un "petit jeu d'orgues, harmonieux, agréable, pour accompagner les petites et douces voix des soeurs. Sur les observations de Mr. Mercklen, que les petits tuyaux ne rendaient que des sons criards, désagréables, il fut convenu que l'instrument serait de 18 jeux".

Le Buffet et la balustrade furent construits par la Maison KLEM, et l'orgue reçu le 20/08/1861.

Vers 1880, Heinrich KOULEN (qui fut, rappelons-le, formé par Merklin) ajouta deux Jeux.